Il redirect di un sottodominio su una directory è un compito molto richiesto quando si parla di Apache e del file .htaccess.
La soluzione è la seguente (ovviamente dovete inserire i vostri dati):
RewriteEngine on
RewriteBase /
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^domain.com$
RewriteRule ^(.*)$ http://www.domain.com/$1 [R=301,L]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^sub.domain.com$
RewriteRule ^(.*)$ http://www.domain.com/sub/$1 [R=301,L]