AngularJS e jQuery non sono due soluzioni antagoniste ma complementari.
Avrete notato che in Angular quando creiamo una nostra direttiva usiamo spesso jqLite, ossia la versione per così dire ridotta di jQuery usata da Angular. Angular permette anche di sostituire jqLite con la versione completa di jQuery semplicemente includendo jQuery nelle nostre pagine.
Il motivo di questa scelta è semplice: jQuery eccelle nella manipolazione del DOM, quindi non avrebbe senso reinventare la ruota escludendo jQuery per ripiegare su una soluzione proprietaria.
Il principio è quello di assegnare a ciascuno il suo compito: jQuery non è in grado di creare un API per una view così come fa Angular, e Angular ha bisogno di jQuery per accedere rapidamente al DOM o per creare effetti la cui complessità non può essere gestita dai soli CSS.