Node.js non supporta solo MongoDB ma anche MySQL. La scelta tra questi due database dipende dalle caratteristiche del progetto che state sviluppando.
MongoDB vuole che ciascuna collezione sia per lo più autosufficiente. Se vi accorgete che nel vostro progetto ciò non è possibile, vuol dire che state ragionando in termini relazionali e quindi la soluzione più appropriata è MySQL.
Attraverso gli Object ID, ad esempio, MongoDB può anche gestire la relazionalità, ma tale soluzione non può eguagliare le soluzioni built-in di MySQL.
In definitiva la scelta è condizionata dal livello di relazionalità presente nel progetto.