La differenza sostanziale esistente tra l'usare jQuery ed il puro JavaScript sta unicamente nei tempi di realizzazione di un progetto.
jQuery riduce drasticamente i tempi di implementazione fornendo delle API che non solo aumentano l'efficienza del codice ma riducono al minimo le differenze esistenti tra i vari browser. Tuttavia se non è necessario supportare i principali browser desktop (ad esempio in un'app mobile) la seconda caratteristica diviene meno rilevante.
In definitiva possiamo dire che se la nostra principale preoccupazione è la produttività, allora jQuery è la scelta consigliata.